社伝によれば、元亀元年 (1570) 伊勢の神宮より天照皇大神の御分霊を、著木山山頂に勧請したのが創祀とされる。その後、南部藩主の崇敬殊の外篤く、武運長久の祈願所と定められた。年と共に参拝者が激増し、社殿境内に狭隘を感じた為、藩士藤枝宮内が寛永6年9月 (1629) 自分の館を奉納して社殿を移させた。明和元年12月 (1764) 南部藩御普請奉行奥山左衛門が藩命により壮麗な新社殿並神楽殿を造営、文化9年8月 (1826) 第38代藩主南部利済公より大神輿（現存）及御紋幕が奉納された。三戸大神宮は古くから神徒とのつながりが濃い神社として知られている。昭和62年には神明造銅板葺の新社殿を始め、手水社、絵馬殿、皆集館を竣工した。

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