今から400年以上も昔にヨーロッパを目指した慶長遣欧使節の歴史と、彼らを乗せて太平洋を渡った木造洋式帆船「サン・ファン・バウティスタ」号を中心に帆船文化を紹介する博物館です。
令和6年10月26日にリニューアルオープン。展示内容が一新され、音と映像を使った分かりやすい展示になっています。常設展示やシアター映像のほか、震災の状況や復興の記録、AR体験、支倉常長ら使節ゆかりの人物になりきって当時の心境を想像しながら学ぶことができる「なりきりパスポート」など、さまざまなコンテンツを用意しています。
また、サン・ファン館に隣接するサン・ファンパークは、使節が見たイタリア広場をイメージして作られた公園で、海と山に囲まれた景勝地にあり、石巻の自然と歴史を感じられる絶景スポットとなっています。