200を超える文化財の宝庫!「若返り信仰」としても知られています!国史跡指定の名刹で、寺伝によれば、奈良時代、諸国巡錫の僧行基がこの地の景勝を聖武帝に奏上、勅命によりバラモン僧正が開基したと伝わる古刹。
檀家を持たず、摂関家藤原氏、奥州藤原氏、寒河江荘大江氏、山形城主最上氏、そして江戸府と、時の権力者より庇護され、江戸時代には幕府より2800石余の寺領を受け、東北随一の巨刹となりました。
宗派は南都の法相が入り、平安仏教の天台・真言が入るなどし、現在は天台宗真言宗兼学の一山寺院となりました。境内には重要文化財の本堂をはじめ三重塔・薬師堂などが建立され、厳かに時を刻んでいます。
平安・鎌倉時代の仏像群は、我が国の仏教美術の至宝として重要文化財の指定を受け、また、5月5日に奉奏される慈恩寺舞楽は、重要無形民俗文化財となっています。
平成26年10月に慈恩寺旧境内を含むエリアが国史跡として指定されました。